Pierwsze wzmianki odnoszące się do terenu administrowanego przez Nadleśnictwo Lipusz pochodzą dopiero z końca XIII wieku. Wynika to niewątpliwie z peryferyjnego położenia okolic Lipusza i Dziemian wobec głównych ośrodków politycznych
i gospodarczych Pomorza Gdańskiego.

            W latach 1308-1309 gdy ziemie te przeszły pod władze Zakonu Krzyżackiego nastąpił masowy karczunek lasów. W okresie tym Powstały nowe wsie, którym nadawano niemieckie nazwy. Takim przykładem może być sam Lipusz. Nazwa wsi zapisana była początkowo
w formie Lyndenpusch lub Lyndepusch, co oznaczało dokładnie - lipowe zarośla (Linde – lipa; pusch – krzewy, zarośla, mały las). Po pokoju w Toruniu (1466), kiedy całe Pomorze Gdańskie powróciło pod panowanie królów polskich, majątek Zakonu przeszedł w posiadanie królewskie. Zmieniła się organizacja administracji kraju. W miejsce zakonnych urzędników: komturów, wójtów i prokuratorów, król wprowadził organizację podobną do występującej na innych ziemiach polskich. Wszyscy urzędnicy powoływani byli z miejscowej szlachty, jednak starostwa otrzymywali też często dawni dowódcy wojsk zaciężnych z czasów wojny.

            W XVII i XVIII wieku uwidacznia się wyraźny wzrost zainteresowania eksploatacją lasów w okolicach Lipusza. Miało to związek z ekspansją osadniczą i wzrostem demograficznym, a także z początkami rozwoju miejscowego przemysłu, dla którego drewno było głównym surowcem. W tym czasie opiekę nad lasami sprawowali leśni. Zaliczali się oni do służby starościańskiej i otrzymywali roczne wynagrodzenie najczęściej w naturze.  Ich obowiązkiem było m.in. zapobieganie nielegalnym wycinkom i kradzieżom drewna.

            W okresie zaborów lasy stały się oczkiem w głowie niemieckiej administracji państwowej. Prowadzono wówczas politykę zwiększenia areału lasów państwowych, zarówno ze względów gospodarczych jak i politycznych, z myślą o przyspieszeniu germanizacji ziem polskich. Na Kaszubach fiskus leśny stał się szczególnie groźnym wywłaszczycielem Polaków, wykupując od nich setki hektarów lasów. Pozwalało to na rozbudowę administracji leśnej, w której zatrudniano wyłącznie Niemców. W tym czasie powstawały nowe leśnictwa i nadleśnictwa. Pierwszym nowo utworzonym nadleśnictwem na tym terenie była Bukowa Góra przemianowana na Nadleśnictwo Sulęczyno. W jego skład wchodziły leśnictwa: Kamionka, Parchowo, Chośnica, Glinowo, Suminy i Zdunowice.
W roku 1902 powstało Nadleśnictwo Lipusz, które zlokalizowane było na Zarzeczu, czyli na wschód od Lipusza na lewym brzegu Wdy, przy trakcie do Kościerzyny. W jego skład weszły lasy przejęte z nadleśnictw: Kościerzyna i Wawrzynowo. I tak, z Nadleśnictwa Kościerzyna - leśnictwa: Płocice, Płociczno i Karpno, a z Nadleśnictwa Wawrzynowo - Leśnictwo Trawice. Rok później z Nadleśnictwa Sulęczyno przyłączono leśnictwo Zdroje.

            Korzystając z kontrybucji wojennej, płaconej przez Francję – Niemcom po wojnie 1870 – 1871 wybudowano siedzibę nadleśnictwa oraz wiele leśniczówek, z których gros użytkowanych jest do dziś.

            Po odzyskaniu niepodległości w 1918 roku, przejęte przez polskie państwo lasy omawianego obszaru administrowane były w zasadzie przez dwa Nadleśnictwa Sulęczyno
i Lipusz. W czasie wojny zabiegi pielęgnacyjne prowadzone były przede wszystkim
w starszych drzewostanach sosnowych, które z tego powodu zostały nadmiernie prześwietlone. Natomiast w drzewostanach bukowych i młodszych drzewostanach sosnowych były znaczne zaniedbania w zabiegach pielęgnacyjno-hodowlanych. W okresie okupacji hitlerowskiej między innymi wskutek działa wojennych gospodarka w lasach prowadzona była głównie pod kątem zaspokojenia wzmożonego popytu na surowiec drzewny.

            Po zakończeniu II wojny światowej Nadleśnictwo Lipusz podzielono na 13 leśnictw (Zdroje, Lubieszewo, Karpno, Łubiana, Płocice, Płociczno, Trawice, Lipusz, Dziemiany, Dunajki, Borsztal, Dywan, Sarnowicze), natomiast lasy Nadleśnictwa Sulęczyno zostały podzielone na 14 leśnictw (Glinowo, Żółno, Suminy, Sylczno, Grabowo, Zdunowice, Węgorzyno, Jamno, Sucha, Parchowo, Chośnica, Bawernica, Kamionka, Smolniki). Częste zmiany kadrowe, przy braku ustabilizowanych zasad zagospodarowania obniżyły efekty gospodarcze lat powojennych.

            W roku 1973 nastąpiło połączenie byłych Nadleśnictw Lipusz i Sulęczyno w nową jednostkę gospodarczą o nazwie Nadleśnictwo Lipusz z podziałem na dwa obręby Lipusz
i Sulęczyno. Powierzchnia zreorganizowanego Nadleśnictwa wynosiła 19486 ha i składała się z 14 leśnictw (Glinowo, Sucha, Parchowo, Zdunowice, Suminy, Żółno, Sylczno, Grabowo, Węgorzyno, Jamno, Chośnica, Bawernica, Kamionka, Smolniki).

W 1979 roku w wyniku reorganizacji polegającej na dostosowaniu granic nadleśnictwa do granic województw przekazano do Nadleśnictwa Bytów znaczną część obrębu Sulęczyno, do Nadleśnictwa Kartuzy przekazano Leśnictwo Kamionka.
Z Nadleśnictwa Kościerzyna przejęte zostało Leśnictwo Głuchy Bór, a z Nadleśnictwa Przymuszewo – Leśnictwo Wiele. W roku 1986 nadleśnictwo odzyskuje tereny, które siedem lat wcześniej przekazało do Bytowa.Tak ukształtowane Nadleśnictwo Lipusz w nieznacznie zmienionych granicach funkcjonuje do dnia dzisiejszego.

            W roku 1995 konieczne stało się dostosowanie aktualnego planu do wymogów ustawy o lasach w związku z powyższym lasy Nadleśnictwa Lipusz podzielono na: lasy rezerwatowe (0,9% powierzchni), lasy ochronne (14,8% powierzchni) oraz lasy wielofunkcyjne.

Druga połowa lat 90-tych to dla nadleśnictwa okres intensywnych prac budowlanych
i remontowych. To czas budowy leśniczówki w Bawernicy i Sulęczynie oraz remontów, większość już istniejących. Chcąc udostępnić i uatrakcyjnić turystycznie obszary leśne Nadleśnictwo Lipusz systematycznie dokonuje remontów dróg, tworzy ścieżki przyrodniczo-dydaktyczne, pętle rowerowe, a także trasy narciarskie.